Er du vår nye kollega? Vi har ledig engasjement som bioinformatiker og kan by på spennende oppgaver sammen med høyt kompetente og engasjerte kolleger.
Klinisk patologi har som hovedoppgave å undersøke vevsprøver og celleprøver ved mistanke om kreft eller andre sykdommer.
Utvikling i patologifaget har bidratt til bedre diagnostisering og overlevelse av kreft. Avdelingen er del av en nasjonal satsning for å etablere infrastruktur for presisjonsdiagnostikk (InPreD) innen kreftfeltet. Dette medfører et tett samarbeid med andre universitetssykehus i Norge med mulighet for å delta i nasjonale prosjekt og jevnlige nasjonale møter. UNN skal sikre regional kompetanse, nasjonal tilgang til avansert diagnostikk for klinisk praksis og inklusjon i kliniske studier, samt optimalisering av metodologi for rutinediagnostikk.
Arbeidsoppgaver for stillingen vil være knyttet opp til molekylærpatologisk laboratorium ved Klinisk patologi. Laboratoriet utfører avanserte molekylærpatologiske analyser som er avgjørende for kreftdiagnostikk og for valg av behandling (persontilpasset medisin). Analysemetodene som benyttes er hovedsakelig basert på PCR, dybdesekvensering (NGS), fluorescens in situ hybridisering (FISH) og genuttrykksanalyse. Laboratoriet har 12 ansatte og samarbeider tett med avdelingens patologer og kliniske miljøer på sykehuset. Laboratoriet har høyt fokus på kvalitetssikring og fagutvikling. I tillegg til den diagnostiske virksomheten bidrar laboratoriet aktivt inn mot kliniske forskningsprosjekter og biobankvirksomhet ved UNN.
Vi søker nå en bioinformatiker som vil få en sentral rolle i å utvikle, implementere og vedlikeholde analysepipelines og programvare knyttet til laboratoriets diagnostiske og forskningsrelaterte aktiviteter. Stillingen vil bidra til å sikre høy kvalitet og effektivitet i laboratoriets arbeid, samt være en viktig ressurs i videreutvikling av metodikk og integrasjon av nye teknologier. Hos oss får du arbeide i et tverrfaglig miljø med høyt faglig nivå, gode muligheter for kompetanseutvikling og deltakelse i spennende prosjekter som bidrar til bedre kreftdiagnostikk og behandling.
Arbeidstid: Hverdager kl. 08.00 - 15.30 med flexitid.
Arbeidsoppgaver
- Designe, implementere, refaktorere og vedlikeholde pipelines og programvare relatert til genetiske analyser
- Dokumentere design av pipelines og arbeidsflyt
- Delta i utarbeidelse av rapporter og prosedyrer
- Delta i kontinuerlig forbedring og oppdatering av rutiner, analyser og metoder
- Delta i opplæring og undervisning
- Holde seg faglig oppdatert innenfor fagfeltet
- Deltakelse i forskningsprosjekt kan bli aktuelt
Kvalifikasjoner
- Stillingen krever Mastergrad eller tilsvarende i bioinformatikk, Phd er ønskelig.
- Solid erfaring med Linux og kommandolinjeverktøy (CLI).
- Kjennskap til både tradisjonelle og skybaserte virtuelle maskiner (VM).
- Erfaring med container-teknologier som Docker og Singularity.
- Erfaring med DevOps-prinsipper og verktøy, inkludert versjonskontroll (Git/GitHub) og CI/CD.
- Kompetanse i programmering, fortrinnsvis i Python og/eller R.
- Erfaring med utvikling, vedlikehold og dokumentasjon av pipelines og arbeidsflyter.
- Erfaring med bruk av workflow-språk som Nextflow for å lage beregningsarbeidsflyter.
- Kjennskap til genomikk og bioinformatikk, inkludert datatyper og analysemetoder.
- Erfaring med analyse av NGS-data og store datamengder er en fordel.
- Evne til å bidra til automatisering av oppgaver og analyser i diagnostikk.
- Gode formidlingsevner i engelsk.
- Gode norsk muntlig og skriftlig egenskaper er en fordel.
Personlige egenskaper
- Evne til selvstendig arbeid, være innovativ og løsningsorientert.
- Gode kommunikasjonsevner og evne til å jobbe i team.
- Evne til å arbeide strukturert og målrettet.
- Evne og vilje til å holde seg faglig oppdatert.
- Personlig egnethet og motivasjon for stillingen vil bli vektlagt.
Vi tilbyr
- Et godt, stimulerende og dynamisk miljø i stor utvikling.
- Interessante faglige utfordringer og gode muligheter for egenutvikling.
- En sentral rolle i etableringen og videreutviklingen av bioinformatisk aktivitet ved avdelingen, samt bli en del av et tverrfaglig bioinformatikkteam bestående av bioinformatikere fra andre avdelinger ved sykehuset.
- Lønn i henhold til gjeldende overenskomster.
- En arbeidsplass som er IA-virksomhet (Inkluderende Arbeidsliv i samarbeid med NAV).